ChinaGAP認證程序一般包括認證申請和受理、檢查準備與實施、合格評定和認證的批準、監督與管理這些主要流程。申請人向具有資質的認證機構提出認證申請后，應與認證機構簽訂認證合同獲得認證機構授予的認證申請注冊號碼；檢查人員通過現場檢查和審核所適用的控制點的符合性，并完成檢查報告；認證機構在完成對檢查報告、文件化的糾正措施或跟蹤評價結果評審后作出是否頒發證書的決定。