禽流感病毒基因組由8個負鏈的單鏈RNA片段組成。這8個片段編碼10個病毒蛋白，其中8個是病毒粒子的組成成分(HA、NA、NP、M1、M2、PB1、PB2和PA)，另兩個是分子質量最小的RNA片段，編碼兩個非結構蛋白——NS1和NS2。NS1與胞漿包含體有關，但對NS1和NS2的功能目前尚不清楚。現在已經獲得了包括H3、H5和H7在內的幾個禽流感病毒亞型HA基因的全部序列以及所有14個血凝素基因的部分序列。
禽流感病毒一般為球形，直徑為80～120納米，但也常有同樣直徑的絲狀形態，長短不一。病毒表面有10～12納米的密集釘狀物或纖突覆蓋，病毒囊膜內有螺旋形核衣殼。兩種不同形狀的表面釘狀物是HA(棒狀三聚體)和NA(蘑菇形四聚體)。
禽流感病毒粒子大約由0?8%～1?1%的RNA，70%～75%的蛋白質，20%～24%的脂質和5%～8%的碳水化合物組成。脂質位于病毒的膜內，大部分為磷脂，還有少量的膽固醇和糖脂。幾種碳水化合物包括核糖(在RNA中)、半乳糖、甘露糖、墨角藻糖和氨基葡糖，在病毒粒子中主要以糖蛋白或糖脂的形式存在。
病毒蛋白及潛在的糖基化位點是病毒基因組特異的，但病毒膜的糖蛋白或糖類鏈的脂質和碳水化合物鏈的成分，是由宿主細胞確定的。