（三）轉移至硝酸纖維素濾膜前后進行的ＲＮＡ染色
當ＲＮＡ自瓊糖凝膠轉移至硝酸纖維素濾膜之前，溴化乙錠的染色時間一般不宜過長，這是因為被染料飽和的核酸分子，其轉移效率有所降低。然而，用溴化乙錠作短暫染色，既不至于對核酸轉移過程產生可以察覺的掏作用，又獨具同時檢測凝膠和凝膜上的ＲＮＡ的優點。
１．方法Ｉ
１）電泳結束后，含乙二醛－ＤＭＳＯ的凝膠應浸入含溴化乙錠（0.5 μg/ml）的10mmol/L磷酸鈉（pH7.0）溶液。甲醛凝膠需用無ＲＮＡ酶的水淋洗，用20xＳＳＣ溶液浸泡，隨后用含溴化乙錠（0.5μg/ml）的20x
ＳＳＣ溶液染色。
２）于室溫染色５－１０分鐘，在紫外燈下觀察，照像。
３）按前所述方法， 將凝膠中的ＲＮＡ轉移至硝酸纖維素濾膜，轉移后能常在學光下也可看出已染色的ＲＮＡ條帶。
這種方法僅適用于每一泳道均含有相當大量（如５μg 以上）的ＲＮＡ的情況。
２．方法Ⅱ
硝酸纖維素濾膜上的ＲＮＡ也可以用下述方法染色：從干烤后的硝酸纖維素濾膜上剪下所需的條帶進行染色，也可以用經過雜交并經Ｘ光片曝光后的整張濾膜進行染色（Ａ.Ｅfstratiadis,未了表材料）。
１）將干燥的濾膜浸入５％冰乙酸中，于室溫浸泡15分鐘。
２）再將濾膜轉移至0.5mol/L乙酸鈉（pH5.2）、0.04％亞甲藍溶液中， 于室溫浸泡５－１０分鐘。
３）用水淋洗濾膜５－１０分鐘后，可見ＲＮＡ分子量標準參照物帶型銳利而poly(A)+mRNA為一模糊帶型，由許多長度范圍從500堿基以下至５kb以上的各種mＲＮＡ共同組成，mＲＮＡ的平均長度約為２kb。