由于紫外線穿透性差,一般情況下紫外照射主要用作食品工廠車間、設備、包裝材料的表面以及水殺菌。另外紫外線照射也可以結合其它一些強氧化劑如臭氧、過氧化氫等處理來進行殺菌。近年來紫外線用于透明液體的殺菌獲得發展，紫外線照射在果蔬汁中的應用也引起了重視。
2000年11月，美國ＦＤＡ批準了California Day-Fresh Foods公司和Salcor公司將紫外線用于果蔬汁殺菌的申請，修改了21ＣＦＲ179食品添加劑法規，允許紫外線照射可以用于果蔬汁飲料產品的消毒，規定紫外線的產生是采用低壓汞燈，90%以上的光波長是2537ｎｍ，湍流的Reynolds數不低于2200。