據專家介紹，辣椒種子里面一般潛有如下病害：猝倒苗、立枯病、辣椒細菌性斑點、辣椒病毒病、辣椒綿疫病、辣椒黃萎病等。
一、溫湯浸種用60℃的熱水浸種，水量為種子量的３倍，先將種子緩慢倒入，邊倒邊攪拌，待溫度降到25-30℃時，浸12-24小時。此法對種子傳播的病害均有控制作用。
二、硫酸鋅浸種用濃度為0.2-0.4%的硫酸鋅溶液，在20-25℃條件下浸種12小時，此法對辣椒病毒病有抑制作用。
三、硫酸銅浸種先將種子用清水浸10-12分鐘，再用１%的硫酸銅液浸泡５分鐘，取出后用清水洗凈。此法可防甜椒炭疽病和細菌性角斑病。
四、多菌靈浸種用冷水浸3-4小時后移入50%的多菌靈可濕性粉劑的500倍液中浸1小時，用清水洗凈。可殺死或純化辣椒病毒。
五、次氯酸鈉浸種用1%的次氯酸鈉浸種5-10分鐘后用清水洗凈，可防辣椒疫病、黃萎病和炭疽病等病害。
