沼氣肥養分全、肥效高，不僅有供作物生長發育需要的氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫及微量元素，還有豐富的有機質和腐殖酸類物質，既能促進微生物的活動，改良土壤，提高土壤肥力，又能改善土壤水、肥、氣、熱狀況和耕作性能，提高地力。沼氣池的肥料分上、中、下三層，應科學施用，以促進增產增效。
沼氣肥料的上層含有大量的可容性養分，是含氮量濃度很高的液體肥料，易被作物吸收和利用。可供小麥、玉米、棉花、蔬菜等作物早期追肥，尤其是蔬菜早期追肥。施肥前應在沼氣池的副池內多存６～７天，降低還原性；或者加水稀釋，防止氨揮發損失、苗子泛黃及燒苗現象出現。
沼氣肥料的中層是湖狀肥，養分含量高，有較豐富的速效氮素、磷素、有機質和腐殖質，肥力較強。適合糧食作物、經濟作物、果樹和蔬菜等中期追肥，能持續快速供給植物生長發育所需要的多種養分，具有促枝葉、壯莖稈、攻子粒的作用。每畝追肥量１５００～２５００公斤，深度１０～１５厘米，施后覆土鎮壓。
沼氣肥料的下層沼渣肥，含有氮素、有機質、腐殖酸類物質和礦化的速效磷素、鉀素及微量元素。可供糧食作物、經濟作物、果樹、蔬菜、花卉、瓜類等作底肥。不論旱田或水田，將沼渣肥均勻撒在地表，隨犁耕翻入耕作層，經耙耬，使沼肥與土壤充分混合。每畝用量０．２～０．５公斤，既能壯莖桿（棵），攻子粒，又能培肥地力，蓄水保墑。但應注意，從沼氣池中取出沼渣肥后，堆漚１５天再使用。