最直接、最簡單的節肥方法就是進行肥料深施。以尿素為例，深施后利用率可達47%-50%，而表施后利用率僅為25%。顯然，深施可以明顯提高肥料利用率，節省用肥成本。
肥料深施，一方面，可以減少因雨水、揮發等造成的養分流失，直接達到節肥目的；另一方面，深施后可增加根系對營養的吸收率，培育龐大粗壯的根系，可起到有效抗倒伏的作用，減少損失。例如肥料深施后，水稻中下層根系數量可增加50%，增強了抗倒伏能力。
倒伏是造成水稻減產的重要原因之一，包括根倒伏和莖倒伏兩個方面。根倒伏主要是由于水稻根系入土較淺、下層根發育較差引起，而莖倒伏主要是由于莖基部較細，機械組織不發達引起。近年來，隨著高產超高產水稻品種的推廣，倒伏一直是該類品種發揮產量潛力的較大威脅。
根系是作物吸收養分的重要器官，旺健的根系源于良好的土壤營養環境，也是地上部旺盛生長的信息反饋。生產中培育龐大的根系能顯著增加地上部生物量，增強抗倒伏能力，實現作物增產。肥料深施，能極顯著增加水稻根系干重和體積，有助于提高根系固持力，增強水稻抗倒伏的能力。
但是，水稻深施用肥也存在一些難題，例如，當水稻插秧之后就無法進行深施肥料。這就要求在水稻插秧之前，一次性施下生長發育所需的所有養分，而水稻控釋肥可以解決這個難題。