一、注意貯藏環境
一般生物肥料耐低溫能力強，但抗高溫能力弱，不得陽光直射、避免潮濕、應干燥通風。
二、注意及時使用
生物肥料的有效期較短，即使是復合型固體肥料，也不宜久存，一般可于使用前2個月內購回。
三、注意合理使用
要根據生物肥料的特點并嚴格按說明書要求施用，尤其涉及噴施濃度、作業器具、施用時間等問題時，必須嚴格操作規程。
四、注意與其它藥、肥分施
生物肥料一般為酸性，并且在其微生物大量繁殖前群體弱小，易被殺傷或殺死，尤其在施用殺菌藥物、化學肥料時，如同時施入，則兩敗俱傷，在沒有弄清其它藥、肥性質以前，最好將生物肥料單獨使用。
五、注意施用的連續性
除基肥外，噴施生物肥時效果當在數日內即較明顯，此后能延續十幾至幾十天，隨著微生物的長期暴露，尤其是高溫條件的不適等，微生物群體衰退很快，因此，應予及時補施，以保證其效果的連續性和有效性。