保健食品的申報，主要涉及到四種機構：檢測機構、受理處、評審委員會、衛生行政部門。
①檢測機構：負責對產品進行技術檢驗，并出具檢驗報告。具體為各省、直轄市的疾病控制中心（或衛生防疫站）、中國疾病預防控制中心營養與食品安全所、中國預防醫學科學院、以及部分醫學院校。
②受理處：負責對企業的申報材料進行初步審核，材料符合要求則負責安排產品參加評審會；將評審意見通知企業；對于擬批準的產品上報國家食品藥品監督管理局；發放證書等。具體為各省、直轄市藥監局（所）的保健食品審批受理機構、國家食品藥品監督管理局國家中藥品種保護審評委員會保健食品受理處。
③評審委員會：負責對申報的產品進行技術評審。具體為各省、直轄市的初審委員會和國家藥監局評審委員會。
④衛生行政部門：對通過了評審委員會技術評審的產品進行進一步審核，如符合有關法規的規定，則予以上報或批準，最終具有批準權的是國家食品藥品監督管理局。經批準的產品賦予保健食品批準文號。
