在集裝箱運輸中，目前船公司仍占主要地位，因此，船公司作為國際集裝箱運輸的中樞，如何做好集裝箱的配備、掌握貨源情況，在各港口之間合理調配集裝箱，接受訂艙，并以集裝箱碼頭堆場、貨運站作為自己的代理人向發貨人提供各種服務是極為重要的。從某種意義上說，集裝箱能否順利進行，可以說依賴于船公司的經營方式。
在集裝箱出口貨運業務中，船公司的主要業務有：
1． 掌握待運的貨源船公司通常采用下述兩種方法掌握待運的貨源情況，并據以部署空集裝箱的計劃：暫定訂艙--所謂暫定訂艙是在船舶到港前30天左右提出，由于掌握貨源的時間較早，所以對這些貨物能否裝載到預定的船上， 以及這些貨物最終托運的數量是否準確，都難以確定。
確定訂艙--所謂確定訂艙通常在船舶到港前7-10天提出，一般都能確定具體的船名、裝船的日期。
2． 配備集裝箱
集裝箱運輸無論使用哪一種運輸方式，且采用集裝箱裝載貨物這一點是不能改變的。因此，在進行集裝箱運輸之前，首稱要配備集裝箱，特別是在采用集裝箱專用船運輸時，由于這種船舶的特殊結構，只能裝載集裝箱運輸，為此，經營集裝箱專用船舶的船公司，需要配備適合專用船裝載、運輸的集裝箱。當然，在實際業務中并不是所有的集裝箱都有船公司負責配備，有的貨主自己也配有集裝箱。此外，還有專門供出租使用的集裝箱租賃公司。要有效的利用船舶的載箱能力，船公司應配備最低數量的集裝箱，在進行特殊貨物運輸時，還應配備特殊的集裝箱。
3． 接受托運
發貨人或貨物托運人根據貿易合同，信用證有關條款的規定，在貨物裝運期限前向船公司或其他代理人以口頭或書面形式提出訂艙。船公司根據所托運的運輸要求和配備集裝箱的情況，決定是否接受這些貨物的托運申請。船公司或其代理在訂艙單上簽署后，則表示已同意接受該貨物的運輸，船公司接受托運時，一般應了解下述情況：
(1)訂艙的貨物詳細情況；
(2)運輸要求;
(3)裝卸港、交接貨地點;
(4)由誰負責安排內陸運輸；
(5)有關集裝箱的種類、規格等。
4． 接受貨物
(1) 集裝箱運輸下，船公司接受貨物的地點有：
①集裝箱碼頭堆場。在集裝箱碼頭堆場接受的貨物一殷都是由發貨人或集裝箱貨運站負責裝箱并運至碼頭堆場的整箱貨。
②集裝箱貨運站。集裝箱貨運站在作為船公司的代理時接受非整箱貨運輸。
②發貨人工廠或倉庫。在由船公司負責安排內陸運輸時，則在發貨人工廠或倉庫接受整箱貨運輸。
(2) 在上述三種接受方式中，船公司都要了解到：
①是否需要借用空集裝箱；
②所需集裝箱的數量及種類；
②領取空箱的時間、地點；
④由誰負責安排內陸運輸；
⑤貨物具體的裝箱地點；
⑧有關特殊事項。
5． 裝船
通過各種方式接受的貨物，按堆場計劃在場內堆存，待船舶靠泊后即可裝船。裝船的一切工作均由碼頭堆場負責進行。
6． 制送主要的裝船單證
為了能及時向收貨人發出裝船通知，以及能使目的港集裝箱碼頭堆場編制卸船計劃和有關內陸運輸等工作的需要，在集裝箱貨物裝船離港后，船公司或其代理即行繕制有關裝船單證，從速送至卸船港。通常，由裝船港船公司代理繕制和寄送的單據有：
(1)提單副本或場站收據副本；
(2)集裝箱號碼單；
(3)貨物艙單；
(4)集裝箱裝箱單；
(5)積載圖；
(6)裝船貨物殘損報告；
(7)特殊貨物表等。