為了便于對集裝箱在流通和使用中識別和管理，便于單據編制和信息傳輸，所以國際標準化組織制定了集裝箱標記，此標準即《集裝箱的代號、識別和標記》（ISO6346-1981(E)）。
國際標準化組織規定的標記有必備標記和自選標記兩類，每一類標記中又分別標記和作業標記。具體來說，集裝箱上有箱主代號；箱號或順序號、核對號；集裝箱尺寸及類型代號。
1、必備標記
1）識別標記。它包括箱主代好，順序號和核對數字。
（1）箱主代號。國際標準化組織規定，箱主代號由四個大寫的拉丁文字母表示，前三位由箱主自己規定，第四個字母一律用U表示。
（2）順序好，又稱箱號，由6位阿拉伯字母組成。如又小數字不是6位時，則在有效數字前用“0”不足6位。如“053842”。
（3）核對數字。核對數字是用來對箱主代號和順序號記錄是否準確的依據。它位于箱號后，以一位阿拉伯數字加一方框表示。
2）作業標記。
它包括以下三個內容：
（1）額定重量和自定重量標記。額定重量即集裝箱總重,自重即集裝箱空箱質量（或空箱重量），ISO688規定應以公斤（kg)和磅（lb)同時表示。
（2）空陸水聯運集裝箱標記。由于該集裝箱的強度僅能堆碼兩層。因而國際標準化組織對該集裝箱規定了特殊的標志，該標記為黑色，該位于側壁和端壁的左上角，并規定標記的最小尺寸為：高127mm,長355mm,字母標記的字體高度至少為76mm。
（3）登箱頂觸電警告標記。該標記喂黃色底各色三角形，一般設在罐式集裝箱和位于登頂箱頂的扶梯處，以警告登體者有觸電危險。
2、自選標記
1）識別標記
它包括（1）國家和地區代號，如中國用CN；美國用US
（2）尺寸和類型代號（箱型代碼）。
2）作業標記。
它包括（1）超高標記，該標記為在黃色底上標出黑色數字和邊框，此標記貼在集裝箱每側的左下角，距箱底約0.6m處，同時該貼在集裝箱主要標記的下方。凡高度超過2.6m的集裝箱應貼上此標記。
（2）國際鐵路聯盟標記。凡符合《國際鐵路聯盟條列》規定的集裝箱，可以獲得此標記。該標志是在歐洲鐵路上運輸集裝箱的必要通行標志。
3、同行標記
集裝箱在運輸過程中能順利的通過或進入它過境，箱上必須貼有按規定要求的各種通行標志，否則，必須辦理繁瑣證明手續，延長了集裝箱的周轉時間。
集裝箱上主要的通行標記有；安全合格牌照、集裝箱批準牌照、防蟲處理板、檢驗合格徽及國際鐵路聯盟標記等。