出料加工合同項下出口的貨物，應比照暫時出口貨物的有關規定填寫出口貨物報關單向海關辦理出口手續，其中對出口涉及國家禁止和統一經營的商品，應遞交外經貿部批件，對涉及國家實行許可證配額管理的，應交驗省（自治區、直轄市和計劃單列市）外經貿主管部門簽發的批準文件；對涉及應征出口關稅的商品，應交相當于出口稅款的保證金。 出口加工合同項下復運進口貨物時，企業應持原出口貨物報關單及填寫進口貨物報關單一并向海關申請辦理進口報關手續。對進口貨物關稅和進口環節稅的征免規定如下：
(1)對復運進口后不再加工出口的貨物，海關以其進境到岸價格與原出境貨物的相同的、類似的貨物在進境時的到岸價格之間的差額作為完稅價格計征進口關稅和進口環節稅。若以上計稅方法難以確定完稅價格的，可參考出料加工貨物在境外支付的加工費、運費、保險費估價征稅。
(2)對復運進口后轉作進料加工的，海關按進料加工的有關規定辦理進口貨物的征免稅手續。
(3)出料加工原則上不得改變原出口貨物的物理形態。對完全改變原出口貨物物理形態的境外加工，不屬出料加工范圍，應按一般貿易出口貨物辦理有關手續。 出料加工貨物在境外加工期限為6個月，如確需延期的，須報海關核準，但延期的最長時間不得超過3個月。出料加工的經營單位應按海關規定如期將原出境經加工后的貨物復運進口，逾期不復運進口，或有走私出口等違法情事，海關將依法處理外商投資企業經營出料加工的審批手續亦按上述規定辦。如出料加工的商品是棉紗、棉滌綸紗、棉坯布、棉滌綸坯布、蠶絲類、坯綢的，還應報外經貿部審批，海關憑外經貿部批準文件驗放。