一份報關單只允許填報一種貿易方式。
加工貿易報關單特殊情況下填報要求如下：
1、少量低值輔料(即5000美元以下，78種以內的低值輔料)按規定不使用《登記手冊》的，輔料進口報關單填報“低值輔料”。使用《登記手冊》的，按《登記手冊》上的貿易方式填報。
2、三資企業按內外銷比例為加工內銷產品而進口的料件或進口供加工內銷產品的料件，進口報關單填報“一般貿易”。
三資企業為加工出口產品全部使用國內料件的出口合同，成品出口報關單填報“一般貿易”。
3、加工貿易料件結轉或深加工結轉貨物，按批準的貿易方式填報。
4、加工貿易料件轉內銷貨物(及按料件補辦進口手續的轉內銷成品)應填制進口報關單，本欄目填報“(來料或進料)料件內銷”；加工貿易成品憑《征免稅證明》轉為享受減免稅進口貨物的，應分別填制進、出口報關單，本欄目填報“(來料或進料)成品減免”。
5、加工貿易出口成品因故退運進口及復出口以及復運出境的原進口料件退換后復運進口的，填報與《登記手冊》備案相應的退運(復出)貿易方式簡稱或代碼。
6、備料《登記手冊》中的料件結轉入加工出口《登記手冊》的，進出口報關單均填報為“進料余料結轉”。
7、保稅工廠加工貿易進出口貨物，根據《登記手冊》填報相應的來料或進料加工貿易方式。