一、進出口貨運程序
1．訂艙
發貨人或貨物托運人根據貿易合同或信用證有關條款的規定，在貨物托運前一定的時間，填制訂艙單向船公司或其代理人，或其他運輸經營人申請訂艙。
2．接受托運申請
船公司或其代理人，或其他運輸經營人在決定是否接受發貨人的托運申請時，首先應考慮其航線、港口、船舶、運輸條件等能否滿足發貨人的要求。在接收托運申請后，應著手編制訂艙清單，然后分送集裝箱碼頭堆場、集裝箱貨運站，據以安排空箱及辦理貨運交接。
3．發放空箱
通常，集裝箱貨運的空箱由發貨人到集裝箱碼頭堆場領取，拼箱貨運的空箱則由集裝箱貨運站負責領取。
4，拼箱貨裝箱
發貨人將不足一整箱的貨物交集裝箱貨運站，由貨運站根據訂艙清單的資料，核對場站收據裝箱。
5．整箱貨交接
由發貨人自行負責裝箱并加海關封志的整箱貨運至集裝箱碼頭堆場，碼頭堆場根據訂艙清單，核對場站收據及裝箱單驗收貨物。
6．集裝箱的交接簽證
集裝箱碼頭堆場在驗收貨物和集裝箱后，即在場站收據上簽字，并將簽署的場站收據交還給發貨人，據此換取提單。
7．換取提單
發貨人憑經簽署的場站收據，向負責集裝箱運輸的人或其代理換取提單，然后去銀行結匯。
8．裝船
集裝箱碼頭根據待裝的貨箱情況，制訂出裝船計劃，待船舶靠泊后即行裝船。
9．海上運輸
海上承運人對裝船的集裝箱負有安全運輸、保管、照料之責任，并依據集裝箱提單條款劃分與貨主之間的責任、權利、義務。
10．卸船 ．
集裝箱碼頭根據裝船港承運人代理寄來的有關貨運單證制訂出卸船計劃，待船舶靠泊后即卸船。
11．整箱貨交付
如內陸運輸由收貨人自己負責安排，集裝箱碼頭堆場根據收貨人出具的提貨單將貨箱交收貨人。
12．拼箱貨交付
集裝箱貨運站在掏箱后，根據收貨人出具的提貨單將貨物交收貨人。
13．空箱回運
收貨人和集裝箱貨運站在掏箱完畢后，應及時將空箱回運至集裝箱碼頭堆場。
二、進出口主要貨運單證
1．訂艙單
訂艙單是承運人或其代理人在接受發貨人或貨物托運人的訂艙時，根據發貨人的口頭或書面申請貨物托運的情況據以安排集裝箱貨物運輸而制訂的單證。該單證一經承運人確認，便作為承、托雙方訂艙的憑證。
2．裝箱單
集裝箱裝箱單是詳細記載集裝箱和貨物名稱、數量等內容的單據，每個載貨的集裝箱都要制作這樣的單據，它是根據已裝進集裝箱內的貨物制作的。不論是由貨主裝箱。還是由集裝箱貨運站負責裝箱，集裝箱裝箱單是詳細記載每個集裝箱內所裝貨物情況的唯一單據。
所以，在以集裝箱為單位進行運輸時，這是一張極其重要的單據，集裝箱裝箱單的主要作用有：
(1)在裝貨地點作為向海關申報貨物出口的代用單據；
(2)作為發貨入、集裝箱貨運站與集裝箱碼頭堆場之間貨物的交接單；
(3)作為向承運人通知集裝箱內所裝貨物的明細表，
(4)在進口國、途經國家作為辦理保稅運輸手續的單據之一；
(5)單據上所記載的貨物與集裝箱的總重量是計算船舶吃水差、穩性的基本數據。
因此，裝箱單內容記載準確與否，對保證集裝箱貨物的安全運輸有著密切的關系。
3．碼頭收據(場站收據、港站收據)
碼頭收據一般都由發貨人或其代理人根據公司已制定的格式(4)有關機械設備的情況，正常還是異常。
進碼頭堆場時，碼頭堆場的工作人員與用箱人、運箱入就設備收據上共同審核的內容有：
(1)集裝箱、機械設備歸還日期、時間；
(2)集裝箱、機械設備歸還時外表狀況；
(3)集裝箱、機械設備歸還人名稱、地址；
(4)整箱貨交箱貨主名稱、地址；
(5)進堆場目的；
(6)擬裝船舶的船名、航次、航線、卸箱港。
4.進出口貨物海關申報單
根據集裝箱運輸的特點，國際上有許多國家修改了本國海關法令規章和手續，使它適應集裝箱成組化運輸，也有不少國家共同締結了關于集裝箱貨物運輸的海關公約。在這些規章和公約中，海‘關手續被簡化到最低限度，集裝箱貨物只要在啟運國內陸地點經海關檢驗后，并在箱子加注海關封志就可以一直運到進口國家最終交貨地點，由目的地海關檢驗放行。在運輸過程中所經國家的海關僅對集裝箱作一記錄，并不檢查箱子內貨物的實際情況。
我國海關對進出口集裝箱及所裝貨物的規定：
凡進口的集裝箱貨物直接運往內地設有海關的地點，則由口岸貨運代理向海關申請辦理轉運(轉點)手續，口岸海關將有關申報單證轉交承運人負責帶交內陸地海關，由內陸地海關查驗放行。凡出口的集裝箱貨物，如果是在內地設有海關地點裝箱的，則由當地發貨人或貨運代理向海關申報，由海關將有關申報單證轉交承運人負責帶給出境地海關憑以監督裝船。
進出口貨物海關申報單的主要內容：
(1)發貨人的名稱和地址；
(2)收貨人的名稱和地址；
(3)交貨人地點、裝貨地點；
(4)途經中轉地點；
(5)運輸方式；
(6)裝箱日期，箱量、填表日期、份數；
(7)單證申報人名稱、地址；
(8)有關貨物情況(貨名、件數、標志、種類、包裝、貨運單位)；
(9)海關、單證申請人簽署；
(10)有關備注、附件說明。
集裝箱運輸下，為滿足其運輸特點需要制定一些單證外，有些單證仍使用普通貨物運輸方式的單證，在此不一一說明。