各種微生物的營養體在100℃溫度下半小時即可被殺死。而其芽孢和孢子在這種條件下卻不會失去生活力。間歇滅菌就是根據這一原理進行的。
間歇滅菌的方法是用100℃、30分鐘殺死培養基內雜菌的營養體，然后將這種含有芽孢和孢子的培養基在溫箱內或室溫下放置24小時，使芽孢和孢子萌發成為營養體。這時再以100℃處理半小時，再放置24小時。如此連續滅菌3次，即可達到完全滅菌的目的。
間歇滅菌通常在流動蒸汽的滅菌鍋中進行，也可用普通鋁鍋代替。這種滅菌方法多用于明膠、牛乳等物質的滅菌，這類物質在100℃以上的溫度下處理較長時間，會被破壞，而用間歇滅菌法就既起到了殺菌作用，又使被處理的物質免遭破壞。