細菌細胞主要由細胞壁、細胞質膜、細胞質、核質及內含物等構成。細菌細胞壁的重要成分是肽聚糖，而不含纖維素和幾丁質。細菌沒有真正的細胞核，核質分散于細胞質中，稱為原核。
多數細菌在一定條件下，細胞壁周圍包被著一層粘性的薄膜，稱為莢膜。莢膜是一層透明的膠狀物質，由多糖類物質組成，具有保護作用。
有些種類的細菌生長到某個階段，菌體失去水分濃縮成1個橢圓形的內生孢子，稱為芽孢。芽孢的壁很厚，滲透性很弱，含水少能抵抗不良環境，可生存十幾年，遇到適宜環境條件，再發生成1個新的菌體。
螺旋菌和某些桿菌具有鞭毛，鞭毛是一種從細胞質膜上長出并穿過細胞壁的細絲，是細菌的運動工具。