土壤中需要的微量元素是指鐵、錳、鋅、硼、銅、鉬等，這些元素在植物中的含量很低，但不可缺。這些元素對農作物的生長有特殊的功能，不能被其他元素替代。因為它們大多是酶的組成成分或能提高酶的活性。
硼肥主要是硼酸和硼砂。它們都是易溶于水的白色粉末，含硼量分別是17％和13％。通常把0.05～0.25％的硼砂溶液施入土壤里。
鋅肥主要是硫酸鋅（ZnSO4·7H2O，含Zn約23％）和氯化鋅（ZnCl2，含Zn約47.5％）。它們都是易溶于水的白色晶體。施用時應防止鋅鹽被磷固定。通常用0.02～0.05％的ZnSO4·7H2O溶液浸種或用0.01～0.05％的ZnSO4·7H2O溶液作葉面追肥。
鉬肥常用的是鉬酸銨[(NH4)2MoO4]，含鉬約50％，并含有6％的氮，易溶于水。常用0.02～0.1％的鉬酸銨溶液噴灑。它對豆科作物和蔬菜的效果較好，對禾科作物肥效不大。
錳肥常用的是硫酸錳晶體（MnSO4·3H2O），含錳26～28％，是易溶于水的粉紅色結晶。一般用含錳肥0.05～0.1％的水溶液噴施。
銅肥常用的是膽礬（CuSO4·5H2O），含銅24～25％，是易溶于水的藍色結晶。一般用0.02～0.04％的溶液噴施，或用0.01～0.05％的溶液浸種。
鐵肥常用綠礬（FeSO4·7H2O）。把綠礬配制成0.1～0.2％的溶液施用。
微量元素肥料的肥效跟土壤的性質有關。在堿性土壤中，上述六種微量元素，除鉬的有效性增大以外，其他都降低肥效。對變價元素來說，還原態鹽的溶解度一般比氧化態鹽大，所以土壤具有還原性，鐵、錳、銅這些元素的肥效增大。土壤有機質中的有機酸對有些元素有配合作用，跟鐵形成的配合物能增大鐵的肥效，但會降低銅、鋅的肥效。