菌絲潔白、粗壯、舒展、均勻，邊緣整齊，生長速度快；在瓶壁呈扇面羽毛狀發展，生長健壯，會分泌醬油色的水珠。菌絲長滿瓶后，10~15天內常見到琥珀色透明液體，并具有香菇特有的芳香氣味，無臭味和霉味。
如瓶內菌絲柱與瓶壁脫離，說明培養料水分過多所致；若既脫離，菌絲柱又開始萎縮，表面菌皮增厚并變為深褐色，說明菌種已開始老化，不能久存，應立即使用。
若菌種柱表面已出現小菇蕾，是好菌種的特征之一，應去掉菇蕾盡快使用；若出現大量菇蕾，則說明菌齡較大已老化，不宜使用。
如果菌種瓶內可以看到木顆粒，是培養時間不足，應再繼續培養一段時間。若所用的米糠質量太差（含谷殼太多），致使菌絲生長不良，應更換培養基，重新生產。