在較早的哺乳動物RNAi實驗中，siRNAs是通過化學方法合成的，就像合成引物一樣，是應用起來最方便的一種方法，研究人員幾乎不需要做什么工作。但是RNA合成成本高，定制周期長，特別是有特殊需求的RNA序列。由于價格比其他方法高出很多，而且設計好的siRNAs中通常只有大約25%的siRNAs能高效抑制基因的表達（抑制效率>80%），一個基因通常合成3—5對siRNAs ，這使得化學合成siRNA的成本更高（就是6—10條siRNAs，一個基因就不少于1500USD）。如果需要重復設計，在國內還有時間上的困擾。現在，多個廠家推出了不同的試劑盒，一個試劑盒可以自行設計合成多個siRNAs,靈活性和可控性都明顯提高，不失為一種經濟的選擇。一般的做法是用先用其他方法篩選出最有效的序列后再進行化學合成。
適用：已經找到最有效的siRNA，接下來需要大量siRNA進行研究
不適用：篩選多個siRNA來進行等長時間的研究
