1. 用 Trypsin 酶解蛋白質時，碳酸氫氨的濃度應該是多少？
酶解時碳酸氫氨的濃度一般在 10 ～ 50 mM 之間。碳酸氫氨的作用主要是提供一個堿性的水解環境，因為 Typsin 的活力在 pH8 ～ 9 之間最高。最常用的碳酸氫氨濃度有 20 mM ， 40 mM 。鹽濃度過大時，后續的凍干過程中會有較多的鹽析出；鹽濃度過小時，則不能有效的提供堿性 pH 的水解環境（尤其是在樣品的 pH 值低，而且體積大時）。為了確定酶解體系的 pH 值，可以用
2. Trypsin 儲存液的作用是什么？
Trypsin 在 pH8 ～ 9 活力最高，所以為了防止酶的自水解， Trypsin 母液要處于一個酸性的環境里以便長期保存。 Trypsin 儲存液的 pH 大約是 5.3 ，是用來稀釋母液用的。如果所需的酶量較大，可以直接用碳酸氫氨溶液來稀釋母液。如果酶解的樣品少，可以用儲存液來稀釋，這樣剩余的酶液可以在 -800C 保存到下次使用。
3. Roche 的酶和 Promega 的酶，那個更好？
Roche 的酶有自降解，而 Promega 的酶基本上沒有自降解。由于酶的自降解峰可以用來做很好的內標，所以一定限度的酶自降解對 MALDI 數據的校準很有幫助。
4. 什么情況下需要用 Ziptip 來處理樣品？
當樣品含有大量的鹽時，需要用 Ziptip 來除鹽；當樣品量很少，但體積比較大時（ 20 微升以上）時，需要用 Ziptip 來濃縮。如果樣品中有甘油， SDS ，或其他雜質時， Ziptip 的使用要格外當心，在這種情況下， Ziptip 的填料容易被雜質堵塞；另外 Ziptip 使用不當時，樣品會有損失。所以當樣品比較珍貴（的來不易）時，最好先用其他樣品做預實驗，摸順條件后，再作真正的樣品。
