蛋白芯片技術是根據蛋白質－蛋白質相互作用規律而設計的高通量蛋白檢測技術平臺。其主要特點是將已知蛋白陣列固定在支撐物表面，用來檢測相配對的未知蛋白，這種新技術使得研究人員可以在一次實驗中比較生物樣品中成百上千的蛋白質的相對豐度，相對于傳統技術而言，效率大為提高。固定在支撐物上的蛋白質可以是抗體、抗原、受體、配體、酶、底物以及蛋白結合因子等。在實際應用中，抗體芯片研究得最多，其次是酵母雙雜交技術。后者是將表達不同蛋白的酵母單克隆分別固定，檢測能與相互作用的蛋白質的細胞。
抗體芯片（Antibody Microarray），是將能識別特異抗原的抗體制成微陣列，檢測生物樣品中抗原蛋白表達模式的方法。這種抗體微陣列可以在一次簡單實驗中同時檢測樣品中的數百甚至數千種蛋白質的表達情況，并且可以在一張芯片上對兩種樣品的表達模式進行比較分析。這使得抗體芯片在毒性實驗、疾病研究和藥物開發上有廣泛的應用前景。
抗體芯片的檢測操作并不要求特殊的技能，一般常規的操作就可以完成以往極為復雜耗時的工作。整個檢測操作流程包括：從組織或細胞、體液中提取蛋白質，并用Cy5和Cy3兩種不同顏色的熒光分子分別標記被檢測樣品和對照樣品，去除多余的標記分子后與芯片雜交孵育，最后掃描分析結果。整個過程從樣品制備到結果分析只要一天即可完成。在抗體芯片制作方面，如何獲得高質量的抗體，提高特異性、減少交叉反應是制作高質量抗體芯片的主要考慮因素。
