與個體發生同為E．H．Haeckel（1886）提倡的術語。追尋生物的各種族從發生到絕滅的形態變化，簡而言之，就是種族的歷史。而phylogenie一詞也就是關于這方面的研究（系統學）。系統發生的研究，在現存生物的生物學中，是以比較解剖學、比較胚胎學和比較生物化學等作為基礎來進行的。在古生物學中是以追蹤各時代的生物遺跡，也就是化石來完成的。在19世紀的后半葉，根據生物發生律所追尋的系統發生是肯定可靠的，它也是促使比較胚胎學興盛的原因，但出現對此定律的種種批判，感到已達到了極限。但是進入本世紀后，由于貝爾（G．R．deBeer）及其他人對個體發生和系統發生的關系重新進行了研究而開辟了新的途徑。在古生物學的研究中，從W．H．Waagen（1869）對于菊石類（Ammo－nite）研究以來，直接探索系統發生，有不少成功的實例，如馬科、象科等的研究也包括在內。不過若從整個生物界來看，通過化石的研究來確定系統發生的情況還是不多的。
