雖然所有的植物細胞都具有全能性，能夠重新形成植株，但各種細胞在表現全能性、重新形成植株的能力并不相同。這種差別不僅表現在同一植株的不同部位、不同器官和不同組織上，而且還表現在植物種類、植株年齡、生長季節和生理狀態上。因此，在決定選用一個合適的材料時，必須考慮以下一些因素：
①用哪一部分器官最適于作組織培養的材料；
②器官的生理狀態和發育年齡；
③取材的季節；
④離體材料（外植體）的大小；
⑤取得離體材料的植株質量。
例如，許多蘭科植物、石刁柏（Asparagus officinalis L.）和非洲菊（Gerbera jamesonii Bolus ex Gard.）用莖尖作材料最合適，而旋花科植物用根比較合適，秋海棠和茄科的一些植物適合于用葉等等。一般說來，處于生長季節的較幼嫩的材料，容易培養，接種時較大的外植體則有較大的再生能力。對于僅僅誘導愈傷組織的外植體，材料大小并無嚴格限制，只要將莖的切段、葉、根、花、果實或種子等的組織切成片狀或塊狀，接種在培養基上即可。切塊的具體大小一般在0.5厘米左右，太小時產生愈傷組織的能力弱，太大時，又會在培養瓶中占地方太多。至于莖尖、胚、胚乳的培養，則按器官或組織單位切離即可。