《加強食品質量安全監督管理工作實施意見》規定，在中華人民共和國境內從事生產加工列入《食品質量安全監督管理重點產品目錄》中食品的企業，必須按規定程序申請并獲得《食品生產許可證》。
《食品衛生許可證》審查的重點是食品生產加工企業生產場所的衛生條件和健康狀況，而《食品生產許可證》的審查的重點是食品生產加工企業的保證產品質量的必備條件，如管理制度、生產設備、生產工藝、人員素質、檢驗設備、計量儀器、過程控制、出廠檢驗等。兩者是從兩個不同側面進行管理。因此，企業取得了《食品生產許可證》后，仍要申請《食品生產許可證》。
《食品衛生許可證》審查的重點是食品生產加工企業生產場所的衛生條件和健康狀況，而《食品生產許可證》的審查的重點是食品生產加工企業的保證產品質量的必備條件，如管理制度、生產設備、生產工藝、人員素質、檢驗設備、計量儀器、過程控制、出廠檢驗等。兩者是從兩個不同側面進行管理。因此，企業取得了《食品生產許可證》后，仍要申請《食品生產許可證》。