利用微生物產生的酶來生產食品十分普遍。
如利用根霉（ Rhizopus ）、曲霉、毛霉（ Mucor ）、紅曲霉 ( Monascus ) 等產生的淀粉酶來水解淀粉用于釀酒、制醋、生產味精等。利用曲霉產生的蛋白酶水解大豆蛋白質生產醬油、醬類。
利用淀粉酶、蛋白酶生產豆腐乳等等。
由微生物產生的酶有：淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纖維素酶、半纖維素酶、果膠酶、過氧化氫酶、葡萄糖氧化酶、橙皮昔酶、蔗糖酶、木聚糖酶、菊粉酶、柚甘酶、胺氧化酶、蜜二糖酶、轉化酶、凝乳酶、葡萄糖異構酶、花青素酶和乳糖酶等。這些酶可以由細菌、酵母菌、霉菌等微生物的各個類群產生。
不同類群的微生物所生產的同一種酶其用途也可能不一樣。
如由細菌產生的蛋白酶可用于制造魚油或改善蘇打餅干及酥餅質量，而霉菌生產的蛋白酶可用于改善面包口味和蛋品加工等。