生物的危害包括有害的細菌、病毒、寄生蟲。食品中的生物危害既有可能來自于原料，也有可能來自于食品的加工過程。
微生物種類繁多分布廣泛，被劃分成各種類型。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細菌、病毒和原生動物。一般而言，酵母、霉菌不引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌產生有害的毒素――化學危害），只有細菌、病毒、原生動物能引起食品的生物危害，使食品不安全。
⑴細菌危害
細菌危害是指某些有害細菌在食品中存活時，可以通過活菌的攝入引起人體（通常是腸道）感染或預先在食品中產生的細菌毒素導致人類中毒。前者稱為食品感染，后者稱為食品中毒。由于細菌是活的生命體，需要營養、水、溫度以及空氣條件（需氧、厭氧或兼性），因此通過控制這些因素，就能有效地抑制、殺滅致病菌，從而把細菌危害預防、消除或減少到可接收水平――符合規定的衛生標準，例如，控制溫度和時間是常用且可行的預防措施――低溫可抑制微生物生長；加熱可以殺滅微生物。
⑵寄生蟲和原生動物
寄生蟲是需要有寄主才能存活的生物，生活在寄主體表或其體內。世界上存在幾千種寄生蟲。只有約20％的寄生蟲能在食物或水中發現，所知的通過食品感染人類的不到100種。通過食物或水感染人類的寄生蟲有線蟲（Nematodes/round worms）、絳蟲（Cestodes/tape worms）、吸蟲（Trematodes/flukes）和原生動物。
大多數寄生蟲對人類無害，但是可能讓人感到不舒服。寄生蟲感染通常與生的或未煮熟的食品有關，因為徹底加熱食品可以殺死所有食品所帶的寄生蟲。在特定情況下，冷凍可以被用來殺死食品中的寄生蟲。然而，消費者生吃含有感染性寄生蟲的食品會造成危害。