種植棉花多年的老棉區，容易發生棉花枯萎病及枯萎、黃萎混發情況。一般是由種子帶病傳播開來的，在常規的防治措施上，多以更換抗病品種和實行水旱輪作為主，這兩項措施對枯萎病是有一定防效的，但是，有的老棉區并無豐厚的水源，水旱輪作是不可能的。有些抗病品種，雖然抗枯萎病的性能較好，但豐產性不能同步，因此，防病必須另辟途徑。

科學地施用生物有機復合肥和鉀肥，可以較好地預防棉花的枯萎病和凋枯病、莖枯病及紅葉莖枯病。

生物有機復合肥能抑制棉花枯萎病。因為生物有機復合肥中的有機質和配施的各類微生物菌肥，分泌的有機酸能改善土壤環境，能明顯抑制枯萎病菌的生存。在棉花施用基肥或追施蕾期肥中，每畝施用100~150斤生物有機復合肥，可較好地預防枯萎病的發生，或者大大降低發病程度，迅速恢復正常的生育功能。

鉀肥能增強棉花對枯萎病的防御能力。一是增施鉀肥可以協調土壤中氮、磷、鉀肥的比例，增強棉花自身的活性;二是棉花缺鉀會使碳水化合物供應減少，蛋白質的合成會受到障礙;三是轉基因抗蟲棉的面積大，它們對鉀的吸收轉化慢，不施鉀肥和少量施鉀效果不佳。增施鉀肥使棉花的活性提高以后，也增強了對枯萎病和凋枯病、莖枯病和紅葉莖枯病的預防能力。因此，每畝施用60斤左右的硫酸鉀或氯化鉀可有效增強對上述棉花中的幾種病害的抗性。