微生物肥料是添加了經過工業化擴繁的活體微生物的肥料，通過微生物的生命活動，使作物增加養分供給量，達到增產的目的。微生物肥料最主要的特點就是里邊含有活體的微生物，根據活體微生物的類別、數量以及肥料養分的不同，可以分為微生物菌劑、生物有機肥以及復合微生物肥料三大類。

    第一類叫做微生物菌劑，它主要是以有效活菌數作為考量的標準，目前國內普遍應用的菌種有固氮菌、解磷菌、解鉀菌，還有枯草芽孢桿菌等；第二類是生物有機肥，考量的標準就是有機質的含量，必須等于或大于25%以上，有效活菌數要等于或大于兩千萬，這類的產品能將有機肥的作用和生物肥的作用結合到一塊；第三類叫做復合微生物肥料，主要考量的標準是氮磷鉀的養分要等于或大于25%,它的有效活菌要等于或大于兩千萬。

    過量使用化肥，造成了土壤板結，地力下降，農產品的品質下降，硝酸鹽含量增加，間接造成了農產品質量的下降，微生物肥料恰恰可以解決這一點，他通過自身的生命活動產生有機酸，使難容的磷肥鉀肥被釋放出來，供給作物利用，同時通過微生物的活動改善了植物根系的平衡，改良了土壤的團粒結構，使土壤保水保肥，增加了土壤肥力，這些是化肥所不能比的。

    微生物肥料與有機肥相比主要差異在于有效活菌數，有機肥雖然也含一定的有機質，也能起到改良土壤結構的作用，但是沒有添加目標微生物，起不到活化土壤、活化固定磷鉀的作用，所以，效果不如微生物肥料好。