化肥污染 蔬菜長期施用化肥的蔬菜，特別是氮肥過量所生產的“氮肥蔬菜”，其莖葉等可食部分，均被硝酸鹽嚴重污染，會使蔬菜中的硝酸鹽含量成倍增加，硝酸鹽在人體中容易被還原為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽是一種劇毒物質，它能引起人體細胞缺氧。長期食用這種蔬菜，會造成兒童智力下降，并能誘發癌癥，危害極大。因此，在一些發達國家現已明文規定，氮肥蔬菜禁止上市，以切實保證消費者的利益。

蔬菜難以保存 全靠化肥生產出來的鮮嫩蔬菜，看起來莖嫩葉肥，不知情者以為質量上乘，其實這種蔬菜硝酸鹽含量超標，在堆放儲存過程中也容易發霉變質，使有毒物質的含量增加。據測定，在冬春貯藏過程中，施用過氮肥的白菜比施農家肥的白菜腐爛損壞率高20%以上，硝酸鹽含量也成倍增加。

土壤結構遭到破壞 蔬菜土壤長期施用硫酸銨、硫酸鉀以及含氮的化肥，會破壞土壤結構，使土壤板結，失去柔性和彈性，降低通水透氣性能。長期施用化肥，土壤膠體上的鈣離子不斷被交換出來，在雨水和灌溉水的淋洗下，硫酸銨、氯化鈣被淋洗到土壤下層，造成耕作層缺鈣，破壞土壤結構，使土壤變得板結，肥力下降，蔬菜長勢差，降低產量。因為良好的土壤結構，除含有大量有機質外，一般都富含鈣元素，缺鈣的土壤結構再好，也是不固定的，易遭到破壞，只有含有一定鈣質的土壤，其鈣質水穩性團粒結構，才是最理想的土壤，能生產出高產質優的蔬菜。

造成土壤的酸化 危害硫酸銨、氯化銨、氯化鉀、過磷酸鈣等酸性化肥在連年大量施用蔬菜地后，會使土壤中殘留大量的酸類物質，使中性土壤變酸，酸性土壤更加酸化，既破壞了土壤微生物區系，又不利于大多數蔬菜的正常生長。長期施用化肥，尤其是連年多次施用硫酸銨、硫酸鉀、氯化鉀等，只能增加土壤中的硫酸根離子和氯離子的含量，而這兩種離子對土壤來說都是有害的離子，不但有害于蔬菜生長，還會使土壤產生次生鹽漬化，破壞土壤的結構，影響蔬菜對其他營養元素的吸收。蔬菜地長期過量施用化肥，不僅會對蔬菜造成危害，還會妨礙蔬菜對其他營養元素的吸收，引起缺素癥。例如，過量施用含氮化肥會引起蔬菜的缺鈣癥；硝態氮過多會引起缺鉬；鉀過多會降低鈣、鎂、硼的有效性；磷過多會降低鈣、鋅、硼的有效性等。

因此，蔬菜地應最大限度地施用有機肥或其他非化學氮肥，替代化學氮肥，在不影響蔬菜正常生長發育的前提下，盡量以圈肥、雞糞等有機肥和各種餅肥，如棉籽餅、菜籽餅、豆餅、生物菌肥等非化學類肥料，代替化學氮肥，以防止蔬菜污染，減少化學肥料的殘留和對土壤造成的污染和破壞作用。