有機肥包括除化肥以外一切可作肥料的物質，通常以人畜糞尿、作物秸稈、綠肥為主。有機肥養分全面，肥效持久均衡，既能改善土壤結構，培肥改土，促進土壤養分的釋放，又能供應作物養分，特別是對發展有機農業、綠色農業和無公害農業有著重要意義。但是有機肥種類很多，功能不一，在秋種時節施用有機肥也要講究科學，忌盲目施用。在施用上應注意以下幾點：

有機肥所含養分不是萬能的有機肥所含養分種類較多，與養分單一的化肥相比是優點，但是它所含養分并不均衡，不能滿足作物高產優質的需要。在施用有機肥時應根據作物對養分的要求配施化肥，即使生產綠色食品的農田也要配施適量礦物肥，并在作物生長期間配施各種葉面肥。

有機肥分解較慢肥效較遲有機肥雖然所含養分種類較多，但養分含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機肥施用量不是很大的情況下，很難滿足作物對營養元素的需要。而化肥養分含量高，肥效迅速，可根據作物需要量的多少，有針對性地補充，但肥效期短。有機肥與化肥配合施用，二者取長補短，發揮各自的優勢，可在數量和時間上滿足作物對各種營養元素的需要。為了獲得高產應追施一定數量化肥。

有機肥需經過發酵處理許多有機肥帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥中有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過堆漚發酵、加工處理后才能施用，生糞不能進地。

有機肥的使用禁忌充分腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，若與堿性肥料混用，會造成氨的揮發，降低有機肥養分含量。有機肥含有較多的有機物，不宜與硝態氮肥混用。