短枝型蘋果樹由于遺傳基礎不同于普通品種，其各個組織器官形態特征都發生了變異。有些從苗期就能明顯表現出來，因此掌握這些變異的特征，就可以在苗期及早地準確鑒別短枝型品種，以免造成損失。

1.芽的性狀短枝型品種 一年生枝上芽距不超過2厘米，芽數多，腋芽肥大、飽滿，芽尖端鈍或圓，與枝條稍有分離，芽褥突出明顯。新紅星每米新梢平均芽數為779個，金矮生為569個，好矮生為934個。元帥系短枝型品種一年生枝上腋芽平均長度為0.50厘米，芽基部寬0.46厘米；而普通型品種芽長僅有0.38厘米，基寬0.37厘米。短枝型品種頂芽的體積相當于普通品種的2～2.5倍。

2.葉片性狀短枝型品種 新梢上每米葉片平均為88.5片，而普通型只有49片，為1.8倍單葉平均葉面積較普通型大1.3倍，葉片厚度比普通型厚11.8%。而且葉色濃綠，葉面光滑。

3.枝條剖面性狀短枝型品種 枝條剖面比普通型皮層厚，標志著其活組織多，死組織少，因而生機旺盛，生命力強。