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目前，細菌病已成為大菱鲆養殖中危害最重的疾病。因此，必須正確診斷，及早防治。弧菌病大菱鲆幼魚腸道白濁，腹部膨脹，眼球突出或混濁，解剖檢查，腸道有炎癥，附黃色或黃紅色黏液，體表潰爛。易在水溫10℃～16℃的低溫期或稚魚期發病。
防治方法：用鹽酸土霉素、四環素、金霉素等，每天每千克魚用50毫克～75毫克；長效磺胺E、制菌磺等，每天每千克魚用200毫克混在飼料中，連喂3天～7天。
鏈球菌病病魚眼球突出，眼周充血，鰓蓋內側充血發紅或劇烈出血。
防治方法：每天每千克魚用鹽酸強力霉素20毫克～50毫克混入飼料中，連喂7天。
假單胞菌病病魚鰓蓋出血，鰭腐爛，體表形成含有膿血的癤瘡或潰瘍，易發于夏初到秋季。
防治方法：保持養殖密度適中；每天每千克魚用四環素50毫克與飼料混合，連喂10天以上。
愛德華氏菌病病魚腹部及兩側發生大面積膿瘍，膿瘍的邊緣出血，病灶因組織腐爛發出強烈的惡臭味。腹腔內嚴重積水。幼魚期發生較重。
防治方法：可用氟哌酸等抗菌藥物治療，但應注意防止產生抗藥性。
滑走細菌病病魚頭部、軀干、鰭等處都發紅出血，在發病后期引起皮膚潰瘍或尾鰭腐爛。低水溫期易發生此病。
防治方法：用復方新諾明投喂，每天每千克魚用50毫克～100毫克拌入飼料中；每天每千克魚用土霉素100毫克～150毫克拌入飼料中投喂，連續投喂1周。
