2013年3月10日，國務院公布機構改革和職能轉變方案，將組建國家食品藥品監(jiān)督管理總局，食品監(jiān)管“九龍治水”的局面將終結。方案提出，將食品安全辦的職責、食品藥品監(jiān)管局的職責、質檢總局的生產(chǎn)環(huán)節(jié)食品安全監(jiān)督管理職責、工商總局的流通環(huán)節(jié)食品安全監(jiān)督管理職責整合，組建國家食品藥品監(jiān)督管理總局。

此前國內共有4個地區(qū)開展了食品安全監(jiān)管改革試點。廣東的深圳和順德搞大部制改革，建市場局，被稱為“南派”。陜西渭南和天津濱海新區(qū)搞職能整合，建食藥監(jiān)局，被稱為“北派”。最終的“大部制”改革方案，在監(jiān)管銜接和內部職能設置等方面充分吸取了渭南改革的經(jīng)驗和教訓。

2013年3月22日，國家食品藥品監(jiān)督管理總局正式掛牌。