(1)菌群：由多種細菌混合組成的相對穩定的細菌群體，具有某些共同性狀。如大腸菌群包括大腸桿菌、產氣腸細菌及他們之間的過渡類型。

(2)菌屬：菌種的上一級分類，通常性狀相近、親緣關系密切的若干菌種組成一個菌屬，如芽孢桿菌屬、葡萄球菌屬、乳桿菌屬等。

(3)菌種：是細菌最基本的分類單位，通常指表型特征相似、親緣關系接近的一類細菌群體，與同屬內其他種有著明顯差異;當涉及到細菌保存時，菌種是指細菌的種子(用來長期保存)資源。

(4)菌型：同一菌種的不同細菌，在某些方面存在較小差異的為同一菌型，通常一個菌種內的細菌可以分為多種不同的菌型。

(5)菌株：由一個獨立分離的單細胞系培養而成的純遺傳型群體及其一切后代，一種微生物的每一個不同來源的純培養物均可稱為該菌種的一個菌株。