現在市面上的配方奶品種繁多，有些奶粉種類是應用于特殊情況的寶寶的，也就是特殊配方之嬰兒配方奶。它主要適用于一些特殊生理狀況的嬰兒，他們需要食用經過特別加工處理的嬰兒配方食品。此類嬰兒配方食品，需經醫師、營養師指示后,才可食用，依其成分特性又可進一步分為：
a.不含乳糖之嬰兒配方奶：適用于對乳糖無法耐受的嬰兒。依原料來源可分為：以牛乳為基礎之無乳糖嬰兒配方奶，以及以黃豆為基礎之無乳糖嬰兒配方奶。
b.部分水解奶粉：適用于較輕度的腹瀉或過敏之嬰兒。
c.完全水解奶粉：適用于嚴重的腹瀉、過敏或短腸癥候群之嬰兒。
d.元素配方奶粉：適用于最嚴重的慢性腹瀉、過敏或短腸癥候群之嬰兒。
e.早產兒配方奶：主要成分（如乳糖改為葡萄糖聚合物，以及中鏈脂肪酸油取代部分長鏈脂肪酸油）已經修正為適合早產兒使用。
